南方医科大学药学院药剂系是 2004 年第一军医大学转制为南方医科大学成立药学院后新组建的系部，亦是药学院的专业骨干之一。 建系以来，在整个学院全新办院理念的指引下，全系教职员工遵循 “ 卓越、 求实 、 创新 ” 的宗旨 ，辛勤耕耘，不懈努力，由一个药剂学专业发展扩大成为现如今初具规模的药剂学系，而且规模还在进一步扩大，办学质量和办学效益得到显著提高，科研水平取得明显进步。

    本系以生物和工业药剂学为基础，以研究药物吸收与代谢和采用新技术与方法研发药物新剂型为中心，以培养高层次药学人才为目标，逐步发展壮大，力争把药剂学成为全国重点学科，在全国乃至世界具有一定影响力。同时，紧密结合分子生物学的手段与方法，研究药物吸收与代谢的机理与调控机制，逐步形成与建立 “ 分子药剂学 ” 新型学科。

    药剂学系现承担了药学专业的不同层次包括硕士、本科、专科、函授本科、函授大专的教学工作。负责的课程有《药剂学》、《生物药剂学与药代动力学》、《拉丁语》、《药学导论》等。同时，药剂学系现已开始招收全职和在职的硕士研究生 和 博士研究生。正在积极争取成为博士后流动站。

    药剂学系曾承担了国家、省部级等的研究课题多项，在国内外学术期刊发表研究论文 100 余篇。其中大多数均被 SCI 收载。同时，积极服务社会，与许多国内外制药企业、研究机构建立了广泛而良好的合作关系。